今作でも、軌跡シリーズ伝統のシステムAT（Action Time）バトルを搭載！
戦闘では画面左側に表示されるATバーの行動順に従い、仲間と敵が行動していく。ATバーにはATボーナスが付くこともあり、行動時にさまざまなボーナスが得られる。
ATボーナスにはHP回復やクリティカルなどの効果があるものの、敵味方の区別なく発動するので要注意！ATボーナスを上手く裁いて戦局を有利に導こう！